Bazı mutasyonlar (bir bakterinin hücre duvarındaki bir değişiklik gibi) antibiyotiklerin bakteriye girmesini veya yapışmasını güçleştirebilir, antibiyotiğin bakteriye zarar verme veya öldürme etkinliğini azaltabilir.

Bakterilerin antibiyotiklere dirençli hale gelirken yaşadığı dört temel mutasyon bulunmaktadır:
1. Bakterideki enzimler antibiyotikleri yer ve deaktive eder.
2. Antibiyotikler bakteriden atılır.
3. Bakteri duvarı antibiyotiklerin içeri girmesini engeller.
4. Bakteri, enerjiyi işlemenin yeni bir yolunu bulur (zira bazı antibiyotikler enerji sürecine etki eder).

“Antibiyotikler”, bazı bakteri ve mantarlarca üretilen ve diğer bakterilerin çoğalmasını engelleyen (bakteriyostatik) veya onları öldüren (bakterisidal) doğal maddelerdir.

Bakteriler çevrelerinde meydana gelen değişikliklere hızlı uyum sağlayabilen canlılardır.
Antibiyotik direnci de bunun bir örneğidir.
Belli bir antibiyotik direnci, söz konusu antibiyotiğin tedavi dozunda dirençli bakterileri öldüremediğini veya çoğalmalarına engel olamadığını ifade etmektedir.

Antibiyotik direnci tam olarak nasıl gelişir?

Bir bakteri antibiyotiklere maruz kaldığında üç olası sonuç vardır – ölürler, hareketsiz kalırlar (çoğalmazlar) veya çoğalırlar.
Bunlardan hangisinin gerçekleşmesinin daha olası olduğunu belirleyen üç temel etken bulunmaktadır; antibiyotik konsantrasyonu, bakteriyel mutasyon ve genetik değişim.

Antibiyotik konsantrasyonu

Genel olarak, bir bakteriye daha fazla antibiyotik verilmesi bakterinin hareketsizleşmesine ya da ölümüne sebep olur ve daha az antibiyotik ise çoğalmasına yol açar.
Bazı bakteriler, içerisinde binlerce bakteri hücresinin bulunduğu jel-benzeri bir madde olan bir “biyofilmin” içinde yaşar (ahududu jölesinin içindeki ahududu çekirdeklerini düşünün).
Bu, büyük ve kalın bir enerji kalkanına benzer.
Bakteriyel hücrelerin tümüne ulaşabilmesi için, antibiyotiğin biyofilmden geçmesi (dağılması) gerekir.
Biyofilmin çok derinlerinde gömülü olan bazı hücreler, yüzeye ulaşan antibiyotiğin sadece küçük bir kısmına maruz kalır.